Pomysł zbudowania fortyfikacji pojawił się w okresie Królestwa Polskiego, jednak do ich realizacji przystąpiono z inicjatywy Cara Mikołaja I. W ten sposób chciał ukarać Polaków za Powstanie Listopadowe. Budowla miała pełnić funkcje nie tylko militarne, ale i policyjne, służące represjom.
Car ponoć sam wskazał umiejscowienie fortyfikacji na wzgórzu żoliborskim. Na tym terenie dokonano wywłaszczeń tysięcy posesji, wyburzono 76 budynków płacąc znacznie zaniżone odszkodowania. Niemal zrównano z ziemią całą dzielnicę Fawory, a około 15000 mieszkańców przesiedlono.
Koszt budowy wyniósł 11 milionów rubli, czyli 8,5 tony czystego złota (128 milionów euro). Pieniądze pochodziły z budżetu miasta oraz z Banku Polskiego, co przyczyniło się do znacznego osłabienia ekonomicznego Kongresówki. Również ten krok Cara traktowany był jako kara za powstanie.
Budowla składała się z trzech bastionów, dwóch półbastionów z suchą fosą przestrzeliwaną we wszystkich kierunkach przez kaponiery i półkaponiery oraz umocnienia o narysie poligonalnym (stosowanym w fortyfikacjach od XVIII do XIX wieku). Dodatkowa kaponiera znalazła się od strony Wisły. Po dnie fosy poprowadzono Mur Carnota, który poza kilkoma niewielkimi fragmentami, zachowany jest w dobrym stanie.
W 1835 roku na prawym brzegu Wisły wzniesiono tzw. Fort Śliwickiego, który pełnił funkcję silnego przedmościa. Przy budowie pracowało codziennie 2000 robotników sprowadzonych z Rosji.
W okresie Powstania Styczniowego uzbrojenie Cytadeli liczyło 555 dział, a załoga 16000 żołnierzy. Zasięg liczył 1500m, więc bez trudu można było stąd dosięgnąć Starego i Nowego Miasta. 104 kazamaty więzienne mogły pomieścić 2940 ludzi.
Ostatecznie Cytadela odegrała jedynie rolę policyjną i służyła do pacyfikacji rozruchów w Warszawie. O takim zamyśle przy budowie fortyfikacji świadczą słabe zabezpieczenia w wielu miejscach.
W latach 1883-1890 władze carskie zbudowały zespół fortów dokoła Warszawy, a Cytadelę pozostawiono jako obiekt zaplecza zespołu, tzw. Twierdzy Warszawskiej (do tej pory nazywanej Cytadelą Aleksandrowską). Gdy w 1913 częściowo zlikwidowano zewnętrzne forty przywrócono całemu kompleksowi poprzednią nazwę.
W tamtych czasach Warszawa nie liczyła się jako twierdza. Mobilizacja załogi miała miejsce 30 VII 1914, ale 25 VII 1915 ewakuowano ją na wschód nie oddawszy nawet jednego strzału. 5 VIII 1915 Cytadelę zajęły wojska niemieckie, głównie w celach koszarowych i magazynowych. Jednak X Pawilon pełnił także funkcję więzienną, a na stokach odbywały się egzekucje. 28 XI 1918 Niemcy przekazali obiekt Wojsku Polskiemu.
Po kapitulacji Warszawy w 1939 r. Cytadelę zajęły wojska niemieckie. W czasie wojny była kilkukrotnie szturmowana przez polskie oddziały, jednak były to ich wielkie przegrane. Wiele z zabudowy fortyfikacji uległo zniszczeniu. Ocalałe budynki Cytadeli przejęło po wojnie Wojsko Polskie, a to co zostało zniszczone odbudowano.
W 1963 w X Pawilonie i jego otoczeniu utworzono Muzeum X Pawilonu Cytadeli Warszawskiej. Od 1990 roku jest to oddział Muzeum Niepodległości.
Cytadela Warszawska zachowała czytelny układ jako zabytek architektury obronnej. Dziś mieści się tutaj Dowództwo Wojsk Lądowych i 3. batalion zabezpieczenia Dowództwa Wojsk Lądowych. W 2015 roku otwarto nową siedzibę Muzeum Katyńskiego, które mieści się teraz w kaponierze Cytadeli. Obecnie na tym terenie powstają siedziby Muzeum Wojska Polskiego oraz Muzeum Historii Polski.
W Cytadeli straceni zostali m.in. Romuald Traugutt, Stefan Kunicki, Piotr Bardowski, Marcin Kasprzak, Stefan Aleksander Okrzeja, Henryk Baron i Michał Ossowski. Więźniami byli Józef Piłsudski, Roman Dmowski, Gustaw Ehrenberg, ks. Piotr Ściegienny oraz Stefan Okrzeja. Symboliczne groby straconych w tym miejscu znajdują się na cmentarzu przy Bramie Straceń.
Źródło:
Królikowski Lech: Twierdza Warszawa. Warszawa: Wydawnictwo Bellona, 2002. ISBN 83-11-09356-3.
